El microscopio láser confocal unido a la técnica de inmunocitoquímica además de mejorar la resolución de la imagen, nos permite distinguir la intensidad del inmunomarcaje pudiendo así diferenciar los distintos niveles de antígeno en el tejido objeto de estudio. Con el microscopio láser confocal, al incorporar la paleta de falso color (o los 256 niveles de gris) cualquier variación en la cantidad de antígeno es detectable. Consigue no sólo que diferenciemos zonas marcadas y zonas sin marcaje sino que, dentro de las zonas marcadas, distingue las áreas con una mayor o menor cantidad de antígeno.

Hemos comparado las imágenes obtenidas con el microscopio óptico y la técnica de peroxidasa y las obtenidas con el microscopio láser confocal y el método de fluorescencia en la retina de distintos vertebrados utilizando como primer anticuerpo un antisuero contra opsinas. En el caso de los estudios de inmunomarcaje en la retina, el epitelio pigmentario en ocasiones enmascara la reacción de la peroxidasa en el segmento externo de los fotorreceptores, por lo que resulta imprescindible utilizar el microscopio de fluorescencia. El microscopio láser confocal mejora la señal y nos permite obtener im genes con una calidad notablemente superior.